醫用潔凈工程，不僅指醫療機構內的潔凈空間，如潔凈手術部、ICU，還包括醫療機構內部整體污染控制工程，如整體氣流組織、整體布局等。醫用潔凈工程能夠為病人和醫護人員創造良好的醫療環境，提高醫療救治水平，因此得到醫療機構的廣泛認可，全國各地的大中型醫院紛紛投入大量資金進行醫用潔凈工程的新建及改造。
     但是隨著醫用潔凈工程的不斷新建及運行，一些問題開始引起醫療機構的關注。目前我國的醫用潔凈工程基本由幾家先期進入這個行業的工程公司壟斷，在院方提出技術要求后，工程公司會完成設計、設備選型及購買、施工、乃至后期維護的全部工作。在這個過程中，就出現了諸多讓院方為難的問題。
     s*先是醫用潔凈工程設備選型及工程造價問題，由于我國潔凈室設備生產企業和醫療機構的交流渠道不夠順暢，因此醫療機構在新建潔凈工程時很難做到貨比三家，只能提出技術要求委托工程公司采購，這樣就很難控制設備選擇達到z*佳的性價比，而這點也直接使得醫用潔凈工程造價偏高，導致后期醫療成本的走高。
     二是后期維護費用的過高。據了解，目前很多醫用潔凈工程的維護還是委托工程公司負責，無論是簡單維修、設備更新還是故障處理，都只能依賴工程公司，一方面造成故障響應速度緩慢，另一方面也使得維護費用過高。
     三是專業人才的匱乏。在工程公司完成交鑰匙工程后，醫療機構沒有渠道獲得專業的足夠的人才來運行、管理、維護潔凈工程，使得一些簡單的小問題都會影響潔凈工程的正常運行，影響潔凈工程正常運轉，降低了投資效益。
     在幾次醫療機構內部會議上，《潔凈室資訊》雜志記者就曾受邀與醫療機構代表共同探討解決這些問題。目前，醫療機構已經形成幾點解決方案，并有部分醫療機構開始逐步嘗試。
     第一是培養醫療機構自己的技術力量，各個醫療機構將逐步招聘建設自己的潔凈室專業人員，負責參與潔凈工程的設計、設備選型、建設，并在后期負責潔凈工程的運行維護。目前由于相關崗位培訓的缺失，人才來源受到一定限制；但是據悉醫療機構已經主動邀請國內外相關科研機構、培訓機構、行業組織共同開展人員的培養工作。
     第二就是本著“設計、采購、施工”三獨立的原則建設潔凈工程。這個三獨立的原則就是醫療機構聘請設計單位進行工程設計、獨立組織招標活動采購設備、獨立聘請工程公司施工建設。當然為了更好銜接這三個過程，醫療機構可能會聘請專業的咨詢或監理公司進行全程協助。三獨立的原則將保證設計、采購、施工各個環節的專業性，也能有效控制潔凈工程的造價乃至后期維護費用，避免一些特殊的設計或者非標設備的出現，使得后期維護受制于他人的被動局面出現。但是由于目前醫療機構對于潔凈設備生產企業不夠熟悉，而潔凈設備生產企業也沒有重視到與醫療機構的公關聯絡，所以這方面的交流活動成了目前z*受歡迎的活動。